Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone

• Kategorie:
  1. Ebooki i Audiobooki »
  2. Medycyna
  1. Ebooki i Audiobooki »
  2. Nauki o zdrowiu »
  3. Chemia
• Język wydania: polski
• ISBN: 978-83-8012-897-2
• ISBN druku: 978-83-8012-896-5
• Liczba stron: 288
• Sposób dostarczenia produktu elektronicznego
  Produkty elektroniczne takie jak Ebooki czy Audiobooki są udostępniane online po uprzednim opłaceniu (PayU, BLIK) na stronie Twoje konto > Biblioteka.

  Pliki można pobrać zazwyczaj w ciągu kilku-kilkunastu minut po uzyskaniu poprawnej autoryzacji płatności, choć w przypadku niektórych publikacji elektronicznych czas oczekiwania może być nieco dłuższy.

  Sprzedaż terytorialna towarów elektronicznych jest regulowana wyłącznie ograniczeniami terytorialnymi licencji konkretnych produktów.
• Ważne informacje techniczne
• Minimalne wymagania sprzętowe:
  • procesor: architektura x86 1GHz lub odpowiedniki w pozostałych architekturach
  • Pamięć operacyjna: 512MB
  • Monitor i karta graficzna: zgodny ze standardem XGA, minimalna rozdzielczość 1024x768 16bit
  • Dysk twardy: dowolny obsługujący system operacyjny z minimalnie 100MB wolnego miejsca
  • Mysz lub inny manipulator + klawiatura
  • Karta sieciowa/modem: umożliwiająca dostęp do sieci Internet z prędkością 512kb/s
• Minimalne wymagania oprogramowania:
  • System Operacyjny: System MS Windows 95 i wyżej, Linux z X.ORG, MacOS 9 lub wyżej, najnowsze systemy mobilne: Android, iPhone, SymbianOS, Windows Mobile
  • Przeglądarka internetowa: Internet Explorer 7 lub wyżej, Opera 9 i wyżej, FireFox 2 i wyżej, Chrome 1.0 i wyżej, Safari 5
  • Przeglądarka z obsługą ciasteczek i włączoną obsługą JavaScript
  • Zalecany plugin Flash Player w wersji 10.0 lub wyżej.
• Informacja o formatach plików:
  • PDF - format polecany do czytania na laptopach oraz komputerach stacjonarnych.
  • EPUB - format pliku, który umożliwia czytanie książek elektronicznych na urządzeniach z mniejszymi ekranami (np. e-czytnik lub smartfon), dając możliwość dopasowania tekstu do wielkości urządzenia i preferencji użytkownika.
  • MOBI - format zapisu firmy Mobipocket, który można pobrać na dowolne urządzenie elektroniczne (np.e-czytnik Kindle) z zainstalowanym programem (np. MobiPocket Reader) pozwalającym czytać pliki MOBI.
  • Audiobooki w formacie MP3 - format pliku, przeznaczony do odsłuchu nagrań audio.
• Rodzaje zabezpieczeń plików:
  • Watermark - (znak wodny) to zaszyfrowana informacja o użytkowniku, który zakupił produkt. Dzięki temu łatwo jest zidentyfikować użytkownika, który rozpowszechnił produkt w sposób niezgodny z prawem.
  • Brak zabezpieczenia - część oferowanych w naszym sklepie plików nie posiada zabezpieczeń. Zazwyczaj tego typu pliki można pobierać ograniczoną ilość razy, określaną przez dostawcę publikacji elektronicznych. W przypadku zbyt dużej ilości pobrań plików na stronie WWW pojawia się stosowny komunikat.

  Więcej informacji o publikacjach elektronicznych

Spis treści

Przedmowa do wydania drugiego / 9

1. Wstęp / 11
2. Przedmiot chemii i chemoinformatyki / 13
3. Komputer jako narzędzie pracy chemika – problemy wprowadzania danych / 21
3.1. Kodowanie cząsteczek w chemoinformatyce / 26
3.2. Grafy cząsteczek chemicznych / 26
3.3. Notacja liniowa / 28
3.3.1. Kody SMILES / 30
3.3.1.1. SMILES – język kodowania grafów molekularnych / 30
3.3.1.2. Gramatyka języka SMILES / 31
3.3.2. Inne systemy notacji liniowej / 41
3.4. Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki / 42
3.5. Edytory molekularne / 50
3.6. Standardy wymiany informacji strukturalnej / 60
3.7. Nomenklatura chemiczna / 68
3.8. Związek chemiczny – in vitro oraz in silico / 72
3.9. Ontologia chemiczna – formalna definicja związku chemicznego / 73
3.10. Właściwości związków chemicznych i ich pomiary / 76
3.11. Chemiczne bazy danych / 78
3.11.1. Organizacja bazy danych / 78
3.11.2. Typy baz danych / 80
3.11.3. Strukturalne bazy danych ligandów / 83
3.11.4. Strukturalne bazy danych makromolekuł / 86
3.11.5. Bazy literaturowe / 90

4. Chemia in silico – problemy przetwarzania danych / 93
4.1. Deskryptory molekularne / 93
4.1.1. Kodujące deskryptory konstytucyjne / 95
4.1.2. Deskryptory daktyloskopowe cząsteczki / 95
4.1.3. Deskryptory obliczane na podstawie atomowej reprezentacji cząsteczki / 95
4.1.4. Deskryptory obliczane na podstawie fragmentów molekularnych / 96
4.1.5. Deskryptory topologiczne / 96
4.1.6. Proste deskryptory geometryczne / 97
4.1.7. Złożone deskryptory geometryczne / 97
4.1.7.1. Deskryptory pola oddziaływań cząsteczkowych / 97
4.1.7.2. Deskryptory profilu konformacyjnego / 98
4.1.7.3. Deskryptory wirtualnego miejsca receptorowego / 98
4.1.7.4. Deskryptory receptorowe / 100
4.1.8. Deskryptory złożonych systemów cząsteczkowych ligand – receptor / 100
4.1.9. Deskryptory skorelowane z właściwościami / 100
4.1.9.1. Korelaty właściwości globalnych / 100
4.1.9.2. Korelaty fragmentów molekularnych – stałe Hammetta / 101
4.1.9.3. Prognozowanie właściwości związków chemicznych / 104
4.2. Modelowanie struktur 3D / 107
4.2.1. Generatory struktur 2D / 110
4.2.2. Generatory struktur 3D / 110
4.2.2.1. Semiempiryczne metody chemii kwantowej / 116
4.2.2.2. Mechanika molekularna / 117
4.2.2.3. Dynamika molekularna / 125
4.2.2.4. Techniki generowania konformerów / 133
4.2.3. Pakiety do modelowania molekularnego / 134
4.3. Podobieństwo strukturalne cząsteczek / 139
4.4. Synteza i retrosynteza / 152
4.4.1. Synteza organiczna – odwzorowanie reagentów w produkty / 154
4.4.2. Projektowanie syntezy organicznej – odwzorowanie produktów w reagenty / 155
4.4.3. Retroreakcje – nomenklatura syntonów / 160
4.4.4. Operacje na syntonach / 160
4.4.4.1. Przekształcenie syntonu w reagent / 160
4.4.4.2. Modyfikacje syntonów / 162
4.4.4.3. Odwrócenie reaktywności / 163
4.4.5. Komputerowo wspomagane projektowanie syntezy (CASD) / 164
4.5. Eksploracja baz danych / 166
4.6. Chemometria – analizy złożonych danych chemicznych / 169
4.6.1. Wybrane metody analizy struktury danych / 170
4.6.2. Podstawowe pojęcia chemometrii / 171
4.6.3. Zmienne i ich korelacje / 171
4.6.4. Wstępna transformacja danych / 173
4.6.5. Eksploracja danych / 175
4.6.6. Jednoczynnikowa analiza wariancji / 175
4.6.7. Wieloczynnikowa analiza wariancji / 178
4.6.8. Algorytmy genetyczne / 180
4.6.9. Wybrane techniki projekcji i wizualizacji wielu zmiennych / 183
4.6.10. Analiza czynników głównych / 183
4.6.11. Sieci neuronowe / 185
4.6.12. Analiza regresji / 198
4.6.13. Metoda najmniejszych kwadratów / 201
4.6.14. Analiza regresji czynników głównych / 205
4.6.15. Metoda częściowych najmniejszych kwadratów / 205
4.6.16. Walidacja krzyżowa / 207
4.7. Komputerowe wspomaganie projektowania molekularnego / 212
4.8. Synteza ukierunkowana na właściwości / 214
4.8.1. Intuicja i szczęśliwy traf w poszukiwaniach i odkryciach nowych leków / 215
4.8.2. Schematy racjonalne w poszukiwaniu nowych leków – badanie zależności między budową a działaniem związków / 215
4.8.3. Badania przesiewowe metodami chemii kombinatorycznej / 223
4.8.4. Projektowanie molekularne in silico / 224
4.8.5. Projektowanie leków, kiedy dostępne są dane strukturalne receptora / 224
4.8.6. Dokowanie molekularne / 227
4.8.7. Projektowanie oparte na szeregu aktywnych ligandów / 233
4.8.8. Ilościowe modele zależności struktura – aktywność QSAR / 235
4.8.8.1. Modele 0D QSAR / 236
4.8.8.2. Modele 1D QSAR / 237
4.8.8.3. Modele 2D QSAR / 237
4.8.8.4. Modele 3D QSAR / 239
4.8.8.5. Modele 4D QSAR / 243
4.8.8.6. Modele 5D QSAR / 244
4.8.8.7. Modele 6D QSAR / 245
4.8.8.8. Modele RI-QSAR z wirtualnym receptorem modelowanym danymi innymi niż szereg jego aktywnych ligandów / 245
4.8.8.9. Modele RD QSAR z rzeczywistymi danymi receptorowymi / 246
4.8.9. Lekotypy / 247

5. Internetowe zasoby i nowe technologie chemoinformatyczne on-line / 249

Literatura dodatkowa / 255
Dodatek / 257