Prof. dr hab. n. med. Jacek Kruczyński od 2011 roku kieruje Kliniką Ortopedii Ogólnej, Onkologicznej i Traumatologii Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu. W latach 2000–2010 i 2010–2020 był krajowym koordynatorem ds. Dekady Kości i Stawów WHO. Od 2018 roku jest konsultantem wojewódzkim w dziedzinie ortopedii i traumatologii w województwie wielkopolskim. W latach 2013 i 2018 wraz z gronem światowych ekspertów z zakresu infekcji narządu ruchu współtworzył tzw. „konsensus filadelfijski” stanowiący podstawę do podejmowania decyzji terapeutycznych w tych schorzeniach. W roku 2021 został zaproszony do grona światowych ekspertów w celu stworzenia konsensusu dotyczącego żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej. Efektem prac było opracowanie konsensusu i publikacja w prestiżowym Journal of Bone and Joint Surgery w marcu 2022 roku.
Prof. dr hab. n. med. Jacek Kruczyński jest byłym i obrcnym członkiem wielu towarzystw naukowych, m.in. Polskiego Towarzystwa Ortopedycznego i Traumatologicznego, International Cartilage Repair Society, American Academy of Orthopaedic Surgeons, European Orthopaedic Research Society. W latach 2008–2014 był przedstawicielem Polskiego Towarzystwa Ortopedycznego i Traumatologicznego w Europejskim Stowarzyszeniu Krajowych Towarzystw Ortopedycznych (EFORT).
Były i obecny członek komitetów redakcyjnych czasopism naukowych, w tym Journal of Bone and Joint Surgery, Chirurgia Narządów Ruchu i Ortopedia Polska, Chirurgia Ortopedia i Rehabilitacja. W latach 2008–2016 Redaktor Naczelny Journal of the American Academy of Orthopaedic Surgeons Poland Edition.
Prof. dr hab. n. med. Jacek Kruczyński jest autorem ponad 160 pełnotekstowych publikacji naukowych i doniesień zjazdowych, w tym wielu realizowanych w międzynarodowej współpracy. Kierowany przez niego zespół otrzymywał nagrody na Międzynarodowych Kongresach EFORT. Jako członek komisji medycznej FIVB współtworzył międzynarodowy system monitorowania urazów w siatkówce.