Mikrobiologia lekarska

Wykaz Autorów V
Przedmowa IX

1. Historia mikrobiologii – Marian Binek 1
1.1. Mikrobiologia XIX i początku XX w. zdominowana przez mikrobiologię medyczną 2
1.2. Dyscypliny towarzyszące mikrobiologii medycznej 7
1.2.1. Wakcynologia 7
1.2.2. Higiena i antyseptyka 9
1.2.3. Chemioterapia 9

2. Wprowadzenie do epidemiologii chorób zakaźnych – Andrzej Zieliński 12
2.1. Proces zakaźny 12
2.2. Szerzenie się chorób zakaźnych w populacji 16
2.3. Epidemiologia opisowa i analityczna 17
2.4. Badania przyczynowości w epidemiologii 18
2.5. Nadzór epidemiologiczny 20

3. Dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka – Małgorzata Fleischer 23
3.1. Dezynfekcja 24
3.1.1. Zasady dezynfekcji 24
3.1.2. Mechanizm działania środków dezynfekcyjnych 26
3.1.3. Metody dezynfekcji 27
3.2. Sterylizacja 31
3.2.1. Zasady prawidłowej sterylizacji 31
3.2.2. Metody sterylizacji 32
3.2.3. Kontrola procesu sterylizacji 36
3.3. Dekontaminacja przy podejrzeniu skażenia prionami 37
3.4. Antyseptyka 38

4. Immunoprofilaktyka zakażeń czynna i bierna – Janusz Ślusarczyk 42
4.1. Uodpornienie człowieka i jego rodzaje 42
4.2. Mechanizmy odporności nieswoistej 43
4.3. Mechanizmy odporności swoistej 45
4.4. Odporność poszczepienna 46
4.4.1. Definicje szczepionki i szczepienia 47
4.4.2. Cele programów szczepień ochronnych 48
4.4.3. Charakterystyka szczepionek 49
4.4.4. Immunogenność szczepionek 50
4.4.5. Zastosowanie syntetycznych peptydów i DNA jako immunogenów szczepionkowych 51
4.5. Szczepionki przeciwwirusowe 52
4.5.1. Rodzaje i swoistość szczepionek przeciwwirusowych 53
4.5.2. Perspektywy zwalczania zakażeń wirusowych 54
4.6. Immunoprofilaktyka bierna zakażeń 54
4.6.1. Immunoglobuliny ludzkie 55
4.6.2. Humanizowane przeciwciała monoklonalne 55
4.6.3. Antytoksyny zwierzęce 56
4.7. Szczepienia u osób podróżujących 57
4.7.1. Zasady zapobiegania chorobom zakaźnym podczas podróży 57
4.7.2. Sytuacja epidemiologiczna w miejscu docelowym podróży 58
4.7.3. Szczepienia ochronne zalecane podróżnym 59

5. Bakteriologia ogólna z patogenezą zakażeń bakteryjnych 62
5.1. Klasyfikacja bakterii – Artur Drzewiecki 62
5.2. Budowa i fizjologia bakterii – Artur Drzewiecki 63
5.2.1. Budowa komórki bakterii 64
5.2.2. Metabolizm bakterii 67
5.2.3. Wzrost bakterii 69
5.2.4. Biofilm 70
5.3. Genetyka bakterii – mechanizmy warunkujące zmienność genomów i proteomów bakteryjnych – Elżbieta Katarzyna Jagusztyn-Krynicka, Paweł Łaniewski 71
5.3.1. Genomy bakteryjne 71
5.3.2. Plastyczność genomów bakteryjnych 75
5.3.3. Zmienność proteomów bakteryjny 76
5.3.4. Fenotypowa różnorodność populacji bakteryjnych 82
5.4. Patogeneza zakażeń bakteryjnych – Barbara Różalska, Beata Sadowska 85
5.4.1. Podstawowe mechanizmy patogenności bakterii 85
5.4.2. Unikanie działania mechanizmów obronnych gospodarza 91
5.5. Flora fizjologiczna i jej rola w obronie przed zakażeniami – Piotr B. Heczko 94
5.5.1. Nabywanie mikrobiomu 95
5.5.2. Skład mikrobiomu człowieka 96
5.5.3. Wpływ mikrobiomu na odporność 98
5.5.4. Choroby związane z zaburzeniami mikrobiomu 99

6. Bakteriologia szczegółowa 100
6.1. Ziarenkowce Gram-dodatnie – Małgorzata Bulanda 100
6.1.1. Rodzaj Staphylococcus 100
6.1.2. Rodzaj Micrococcus 107
6.1.3. Rodzaj Streptococcus 107
6.1.4. Rodzaj Enterococcus 113
6.2. Ziarenkowce Gram-ujemne – Artur Drzewiecki 114
6.2.1. Rodzaj Neisseria 114
6.2.2. Rodzaj Moraxella 118
6.2.3. Bakterie z grupy HACEK 119
6.3. Laseczki Gram-dodatnie niewytwarzające spor – Gayane Martirosian 120
6.3.1. Rodzaj Corynebacterium 120
6.3.2. Rodzaj Listeria 123
6.3.3. Rodzaj Erysipelothrix 125
6.4. Laseczki Gram-dodatnie wytwarzające spory – Gayane Martirosian 126
6.4.1. Rodzaj Bacillus 126
6.4.2. Rodzaj Clostridium 129
6.5. Pałeczki Gram-ujemne: Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae – Hanna Stypułkowska-Misiurewicz 137
6.5.1. Rodzaj Escherichia 140
6.5.2. Rodzaj Salmonella 141
6.5.3. Rodzaj Shigella 147
6.5.4. Rodzaj Yersinia 149
6.5.5. Rodzaj Plesiomonas 150
6.5.6. Inne rodzaje należące do Enterobacteriaceae 151
6.5.7. Rodzaj Vibrio 152
6.5.8. Rodzaj Aeromonas 156
6.6. Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące glukozy – Pseudomonas, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Burkholderia – Eugenia Gospodarek 157
6.6.1. Rodzaj Pseudomonas 158
6.6.2. Rodzaj Acinetobacter 161
6.6.3. Rodzaj Stenotrophomonas 166
6.6.4. Rodzaj Burkholderia 168
6.7. Pozostałe pałeczki Gram-ujemne: Bordetella, Haemophilus, Pasteurella, Francisella, Bartonella, Brucella, Campylobacter, Helicobacter, Legionella – Hanna Stypułkowska-Misiurewicz 170
6.7.1. Rodzaj Bordetella 171
6.7.2. Rodzaj Haemophilus 173
6.7.3. Rodzaj Pasteurella 174
6.7.4. Rodzaj Francisella 175
6.7.5. Rodzaj Bartonella 176
6.7.6. Rodzaj Brucella 176
6.7.7. Rodzaj Campylobacter 178
6.7.8. Rodzaj Helicobacter 178
6.7.9. Rodzaj Legionella 180
6.8. Bakterie beztlenowe niewytwarzające spor – Gayane Martirosian 182
6.8.1. Rodzaj Bacteroides 182
6.8.2. Rodzaj Prevotella 184
6.8.3. Rodzaj Porphyromonas 184
6.8.4. Rodzaj Fusobacterium 184
6.8.5. Rodzaj Veillonella 186
6.8.6. Rodzaje Peptococcus i Peptostreptococcus 186
6.8.7. Rodzaj Propionibacterium 187
6.8.8. Rodzaj Lactobacillus 188
6.8.9. Rodzaj Eubacterium 189
6.8.10. Rodzaj Bifidobacterium 189
6.8.11. Rodzaj Gardnerella 190
6.8.12. Rodzaj Mobiluncus 191
6.9. Prątki Mycobacterium – Zofia Zwolska 192
6.10. Krętki – Marian Binek 200
6.10.1. Rodzaj Borrelia 201
6.10.2. Rodzaj Treponema 205
6.10.3. Rodzaj Leptospira 209
6.10.4. Rodzaj Brachyspira 212
6.11. Promieniowce i pokrewne bakterie – Marian Binek 213
6.11.1. Rodzaj Actinomyces 214
6.11.2. Rodzaj Nocardia 216
6.11.3. Rodzaj Rhodococcus 218
6.11.4. Inne pokrewne bakterie 220
6.12. Chlamydie – Barbara Zawilińska 221
6.12.1. Rodzaj Chlamydia 223
6.12.2. Rodzaj Chlamydophila 225
6.13. Mykoplazmy – Barbara Zawilińska 226
6.14. Inne bakterie – Rickettsiaceae, Anaplasmataceae i Coxiellaceae – Barbara Zawilińska 229

7. Wirusologia ogólna – Marta Wróblewska 237
7.1. Struktura i klasyfikacja wirusów 237
7.1.1. Struktura wirusów 237
7.1.2. Klasyfikacja wirusów 241
7.2. Cykl replikacyjny wirusów 243
7.2.1. Przyleganie wirusa do komórki (adsorpcja) 243
7.2.2. Wnikanie wirusa do komórki (penetracja) 244
7.2.3. Odpłaszczenie kwasu nukleinowego wirusa 244
7.2.4. Synteza białek wczesnych 244
7.2.5. Replikacja genomu i synteza białek strukturalnych wirusa (eklipsa) 246
7.2.6. Składanie i dojrzewanie potomnych wirionów (morfogeneza) 246
7.2.7. Uwolnienie potomnych wirionów z komórki 246
7.2.8. Cykl replikacyjny poszczególnych grup wirusów 248
7.3. Genetyka wirusów 253
7.3.1. Zmienność genetyczna wirusów 253
7.3.2. Oddziaływanie wirusów w zakażeniach mieszanych 254
7.3.3. Wirusy jako wektory 255
7.4. Patogeneza zakażeń wirusowych 256
7.4.1. Zakażenia miejscowe i uogólnione 256
7.4.2. Relacje wirus – komórka gospodarza 258
7.4.3. Relacje wirus – organizm gospodarza 261
7.4.4. Zakażenia latentne 262
7.5. Odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 263
7.5.1. Mechanizmy immunologiczne w zakażeniach wirusowych 263
7.5.2. Czynniki warunkujące odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 266
7.5.3. Rola układu odpornościowego w patogenezie zakażeń wirusowych 267
7.5.4. Mechanizmy unikania przez wirusy odpowiedzi immunologicznej gospodarza 268
7.6. Wirusy a onkogeneza 270
7.6.1. Patogeneza nowotworów o etiologii wirusowej 270
7.6.2. Onkogenne wirusy RNA 271
7.6.3. Onkogenne wirusy DNA 271
7.7. Epidemiologia zakażeń wirusowych 272
7.7.1. Definicje i wskaźniki epidemiologiczne 273
7.7.2. Czynniki wpływające na epidemiologię chorób wirusowych . 274
7.7.3. Drogi szerzenia się zakażeń wirusowych 275
7.7.4. Zakażenia wirusowe u podróżnych 275
7.7.5. Nowe i nawracające zakażenia wirusowe 276
7.8. Zapobieganie zakażeniom wirusowym 277
7.8.1. Zasady kontroli zakażeń wirusowych 277
7.8.2. Szczepionki 278
7.8.3. Surowice odpornościowe 279

8. Wirusologia szczegółowa 280
8.1. Herpeswirusy – Magdalena Kosz-Vnenchak, Sława Szostek 280
8.1.1. Wirusy opryszczki zwykłej 282
8.1.2. Wirus ospy wietrznej i półpaśca 285
8.1.3. Wirus cytomegalii 287
8.1.4. Wirus Epsteina-Barr 289
8.1.5. Ludzki herpeswirus 6 291
8.1.6. Ludzki herpeswirus 7 292
8.1.7. Ludzki herpeswirus 8 293
8.2. Adenowirusy – Tomasz Dzieciątkowski 294
8.2.1. Postacie kliniczne zakażeń adenowirusami 294
8.2.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń adenowirusowych 297
8.2.3. Leczenie i profilaktyka chorób o etiologii adenowirusowej 298
8.3. Pokswirusy – Maciej Przybylski 299
8.3.1. Wirus ospy prawdziwej 299
8.3.2. Wirus mięczaka zakaźnego 301
8.4. Parwowirusy – Tomasz Dzieciątkowski 302
8.4.1. Postacie kliniczne zakażeń parwowirusem B19 302
8.4.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń parwowirusem B19 304
8.4.3. Leczenie i profilaktyka zakażeń parwowirusowych . 305
8.5. Poliomawirusy – Tomasz Dzieciątkowski 306
8.5.1. Postacie kliniczne zakażeń poliomawirusami 307
8.5.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń poliomawirusami 308
8.5.3. Leczenie i profilaktyka chorób spowodowanych przez poliomawirusy 309
8.6. Papillomawirusy – Tomasz Dzieciątkowski 310
8.6.1. Choroby o etiologii HPV 311
8.6.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń HPV 313
8.6.3. Leczenie i profilaktyka zakażeń HPV 313
8.7. Ortomyksowirusy – Maciej Przybylski 314
8.7.1. Epidemiologia grypy 315
8.7.2. Patogeneza i obraz kliniczny grypy 316
8.7.3. Diagnostyka laboratoryjna grypy 317
8.7.4. Leczenie i profilaktyka grypy 318
8.8. Pikornawirusy – Maciej Przybylski 320
8.8.1. Enterowirusy niepoliomielityczne z gatunków A–D 320
8.8.2. Poliowirusy 324
8.8.3. Rinowirusy 325
8.8.4. Parechowirusy 326
8.9. Paramyksowirusy – Maciej Przybylski 327
8.9.1. Wirus odry 329
8.9.2. Wirus świnki 331
8.9.3. Syncytialny wirus oddechowy (wirus RS) 334
8.9.4. Wirusy paragrypy 335
8.9.5. Ludzki metapneumowirus 336
8.10. Koronawirusy – Marta Wróblewska 337
8.10.1. Ludzkie koronawirusy 337
8.10.2. Koronawirus ciężkiego ostrego zespołu oddechowego (SARS-CoV) 339
8.10.3. Koronawirus MERS 340
8.10.4. Ludzki torowirus 340
8.11. Astrowirusy – Marta Wróblewska 340
8.11.1. Epidemiologia zakażeń astrowirusami 341
8.11.2. Patogeneza i obraz kliniczny zakażeń astrowirusami 341
8.11.3. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń astrowirusami 342
8.11.4. Leczenie i profilaktyka zakażeń astrowirusami 342
8.12. Kaliciwirusy – Marta Wróblewska 342
8.12.1. Norowirusy 343
8.12.2. Sapowirusy 344
8.12.3. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń kaliciwirusami 344
8.12.4. Leczenie i profilaktyka zakażeń kaliciwirusami 345
8.13. Reowirusy – Marta Wróblewska 345
8.13.1. Rodzaj Rotavirus 345
8.13.2. Rodzaj Coltivirus 348
8.13.3 Rodzaje Orbivirus, Seadornavirus i Orthoreovirus 349
8.14. Togawirusy – Marta Wróblewska 349
8.14.1. Wirus różyczki 350
8.14.2. Wirusy końskiego zapalenia mózgu 352
8.14.3. Kompleks serologiczny wirusa gorączki lasu Semliki 353
8.14.4. Wirus Sindbis 355
8.15. Flawiwirusy – Marta Wróblewska 355
8.15.1. Wirus żółtej gorączki 356
8.15.2. Wirus dengi 357
8.15.3. Kompleks serologiczny wirusa japońskiego zapalenia mózgu 358
8.15.4. Kompleks serologiczny wirusa kleszczowego zapalenia mózgu 360
8.15.5. Inne flawiwirusy 361
8.16. Filowirusy – Marta Wróblewska 361
8.16.1. Rodzaje Ebolavirus i Marburgvirus 362
8.16.2. Rodzaj Cuevavirus 364
8.17. Rabdowirusy – Marta Wróblewska 364
8.17.1. Wścieklizna 364
8.17.2. Wirus pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej 367
8.18. Buniawirusy – Marta Wróblewska 367
8.18.1. Rodzaj Nairovirus 367
8.18.2. Rodzaj Phlebovirus 369
8.18.3. Rodzaj Hantavirus 370
8.18.4. Rodzaj Orthobunyavirus 371
8.19. Arenawirusy – Marta Wróblewska 371
8.19.1. Wirus Lassa 372
8.19.2. Wirus limfocytarnego zapalenia splotu naczyniówkowego i opon mózgowych 374
8.19.3. Wirusy południowoamerykańskich gorączek krwotocznych 375
8.19.4. Inne arenawirusy patogenne dla ludzi 376
8.20. Retrowirusy – Marta Wróblewska 376
8.20.1. Rodzaj Deltaretrovirus 376
8.20.2. Rodzaj Lentivirus 377
8.20.3. Inne retrowirusy 384
8.21. Wirusowe zapalenia wątroby – Marta Wróblewska 384
8.21.1. Wirus zapalenia wątroby typu A 385
8.21.2. Wirus zapalenia wątroby typu B 388
8.21.3. Wirus zapalenia wątroby typu C 394
8.21.4. Wirus zapalenia wątroby typu D 398
8.21.5. Wirus zapalenia wątroby typu E 399
8.21.6. Wirus zapalenia wątroby typu G 403
8.21.7. Inne wirusy zapalenia wątroby 404
8.22 Priony – Marta Wróblewska 405
8.22.1 Epidemiologia chorób prionowych 406
8.22.2 Replikacja prionów i patogeneza zakażeń 406
8.22.3 Postacie kliniczne chorób prionowych 406
8.22.4 Diagnostyka chorób prionowych 407
8.22.5 Leczenie i profilaktyka chorób prionowych 408

9. Mykologia ogólna z patogenezą zakażeń grzybiczych – Anna B. Macura 410
9.1. Morfologia, metabolizm i rozmnażanie się grzybów 410
9.2. Klasyfikacja grzybów 413
9.3. Patogeneza zakażeń grzybiczych 414
9.3.1. Patogeneza zakażeń wywołanych przez grzyby drożdżopodobne 415
9.3.2. Patogeneza zakażeń wywołanych przez pleśnie 419
9.3.3. Patogeneza zakażeń wywołanych przez dermatofity 421
9.4. Epidemiologia i profilaktyka zakażeń grzybiczych 422
9.5. Mykotoksyny i mykotoksykozy 423
9.6. Grzyby jako alergeny 425

10. Mykologia szczegółowa 427
10.1. Grzyby drożdżopodobne (drożdże) – Anna B. Macura, Paweł Krzyściak 427
10.1.1. Workowce 427
10.1.2. Podstawczaki 435
10.1.3. Pneumocystis jirovecii 439
10.1.4. Profilaktyka zakażeń grzybami drożdżobodobnymi 441
10.2. Grzyby strzępkowe – Anna B. Macura, Magdalena Skóra 442
10.2.1. Sprzężniaki (Zygomycota) 443
10.2.2. Pleśnie z podtypu Pezizomycotina (typ Ascomycota) 446
10.2.3. Profilaktyka zakażeń grzybami strzępkowymi 456
10.3. Dermatofity – Anna B. Macura, Paweł Krzyściak 457
10.3.1. Trichophyton 461
10.3.2. Epidermophyton 466
10.3.3. Microsporum 467
10.3.4. Profilaktyka zakażeń dermatofitami 467
10.4. Grzyby dimorficzne – Anna B. Macura 468
10.4.1. Histoplasma capsulatum 469
10.4.2. Blastomyces dermatitidis 470
10.4.3. Coccidioides immitis 472
10.4.4. Paracoccidioides brasiliensis 473
10.4.5. Sporothrix schenckii 474

11. Parazytologia ogólna – Zbigniew Pawłowski 476
11.1. Podstawowe zagadnienia z zakresu parazytologii 476
11.1.1. Różnorodność w parazytologii 476
11.1.2. Proces inwazji 478
11.2. Mianownictwo i klasyfikacja systematyczna pasożytów człowieka 480
11.2.1. Mianownictwo 480
11.2.2. Klasyfikacja systematyczna pasożytów 480
11.3. Patogeneza i objawy chorób pasożytniczych 484
11.3.1. Wzajemne relacje pasożytów i człowieka jako ich żywiciela 484
11.3.2. Bezpośrednie mechanizmy patogenetyczne 485
11.3.3. Immunologiczne mechanizmy patogenetyczne 486
11.3.4. Reakcje nadwrażliwości na obecność pasożytów 487
11.3.5. Powikłania w chorobach pasożytniczych 487
11.4. Epidemiologia i profilaktyka inwazji pasożytniczych 488
11.4.1. Odrębność epidemiologii inwazji pasożytniczych 488
11.4.2. Proces epidemiologiczny 489
11.4.3. Dochodzenie epidemiologiczne i zapobieganie parazytozom 490

12. Parazytologia szczegółowa 492
12.1. Pierwotniaki 492
12.1.1. Giardia intestinalis – Agata Pietrzyk 492
12.1.2. Trichomonas vaginalis – Agata Pietrzyk 495
12.1.3. Leishmania spp. – Agata Pietrzyk 498
12.1.4. Trypanosoma spp. – Agata Pietrzyk 503
12.1.5. Entamoeba histolytica i pełzaki niechorobotwórcze – Małgorzata Paul 508
12.1.6. Inne pełzaki przewodu pokarmowego – Małgorzata Paul 511
12.1.7. Pełzaki wolno żyjące – Małgorzata Paul 514
12.1.8. Toxoplasma gondii – Małgorzata Paul 515
12.1.9. Cryptosporidium spp. – Małgorzata Paul 519
12.1.10. Kokcydia chorobotwórcze dla człowieka – Małgorzata Paul 521
12.1.11. Plasmodium spp. – Małgorzata Paul 522
12.1.12. Babesia spp. – Małgorzata Paul 526
12.1.13. Balantidium coli – Małgorzata Paul 527
12.1.14. Microsporidia – Małgorzata Paul 528
12.2. Robaki 529
12.2.1. Przywry – Małgorzata Paul 529
12.2.2. Tasiemce – Zbigniew Pawłowski 537
12.2.3. Nicienie przewodu pokarmowego – Agata Pietrzyk 551
12.2.4. Nicienie tkanek oraz krwi i limfy – Małgorzata Paul 565
12.2.5. Stawonogi – Zbigniew Pawłowski 577

13. Leki przeciwdrobnoustrojowe i antybiotykoterapia chorób zakaźnych 588
13.1. Zasady racjonalnej chemioterapii – Artur Drzewiecki 588
13.1.1. Farmakokinetyka 589
13.1.2. Farmakodynamika 589
13.1.3. Oporność bakterii i grzybów 591
13.1.4. Skojarzenia antybiotyków 592
13.1.5 Rodzaje farmakoterapii zakażeń 593
13.2. Leki przeciwbakteryjne – Danuta Dzierżanowska-Madalińska 594
13.2.1. Klasyfikacja, sposób działania i zastosowanie kliniczne 594
13.2.2. Mechanizmy bakteryjnej oporności na antybiotyki 602
13.2.3. Metody oznaczania wrażliwości na antybiotyki 603
13.3. Leki przeciwwirusowe – Marta Wróblewska 603
13.3.1. Interferony 604
13.3.2. Rybawiryna 606
13.3.3. Leki przeciw wirusom grypy 607
13.3.4. Leki przeciw herpeswirusom 608
13.3.5. Leki przeciwretrowirusowe 610
13.3.6. Leki stosowane w zakażeniu HBV 612
13.3.7. Leki stosowane w zakażeniu HCV 613
13.3.8. Przeciwwirusowe surowice odpornościowe 613
13.4. Leki przeciwgrzybicze – Danuta Dzierżanowska-Madalińska 615
13.4.1. Podział leków przeciwgrzybiczych 615
13.4.2. Metody oznaczania wrażliwości grzybów na antymykotyki 618
13.5. Leki przeciw inwazjom pasożytniczym – Jerzy Stefaniak 619
13.5.1. Zasady leczenia chorób wywoływanych przez pasożyty 619
13.5.2. Leki przeciw zarażeniom pierwotniakami 621
13.5.3. Leki przeciw robaczycom 623
13.5.4. Leki przeciw pasożytom zewnętrznym 624

14. Zakażenia szpitalne 626
14.1. Podstawowe pojęcia i definicje – Jadwiga Wójkowska-Mach 626
14.2. Czynniki ryzyka występowania zakażeń szpitalnych – Małgorzata Bulanda 627
14.3. Epidemiologia zakażeń szpitalnych – Jadwiga Wójkowska-Mach 628
14.4. Kontrola zakażeń – Jadwiga Wójkowska-Mach 632
14.5 Czynniki etiologiczne zakażeń szpitalnych – Małgorzata Bulanda 636
14.5.1. Wirusy jako czynniki etiologiczne zakażeń szpitalnych 636
14.5.2. Bakterie jako czynniki etiologiczne zakażeń szpitalnych 637
14.5.3. Grzyby jako patogeny w zakażeniach szpitalnych 638
14.6. Postacie kliniczne zakażeń szpitalnych 638
14.6.1. Podział zakażeń szpitalnych – Jadwiga Wójkowska-Mach 638
14.6.2. Zakażenie miejsca operowanego – Małgorzata Bulanda 642
14.7. Higiena szpitalna – Małgorzata Fleischer 643
14.7.1. Higiena rąk 643
14.7.2. Środki ochrony osobistej 645
14.7.3. Utrzymanie czystości pomieszczeń szpitalnych 648
14.8. Typowanie molekularne – Agnieszka Chmielarczyk 649
14.8.1. Analiza restrykcyjna chromosomalnego DNA połączona z elektroforezą pulsową 649
14.8.2. Metody oparte na technice PCR (wykorzystujące amplifikację DNA) 650
14.8.3. Analiza sekwencji metodą MLST 650

15. Bioterroryzm – Janusz Kocik, Marcin Niemcewicz, Anna Bielecka-Oder 652
15.1. Historia broni biologicznej 652
15.2. Podział czynników broni biologicznej 656

16. Diagnostyka mikrobiologiczna 657
16.1. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych – Małgorzata Bulanda 657
16.1.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań bakteriologicznych 657
16.1.2. Klasyczne metody diagnostyczne 663
16.1.3. Etap polaboratoryjny 666
16.2. Diagnostyka zakażeń wirusowych – Maciej Przybylski, Tomasz Dzieciątkowski 666
16.2.1. Badania wirusologiczne 668
16.2.2. Diagnostyka serologiczna – wykrywanie przeciwciał 675
16.3. Diagnostyka zakażeń grzybiczych – Anna B. Macura, Magdalena Skóra 683
16.3.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań mykologicznych 684
16.3.2. Metody mikroskopowe i hodowlane 684
16.3.3. Metody immunologiczne 689
16.3.4. Metody molekularne 690
16.3.5. MALDI-TOF MS – laserowa desorpcja i jonizacja próbki wspomagana matrycą 690
16.4. Diagnostyka parazytologiczna – Małgorzata Paul 691
16.4.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań parazytologicznych 691
16.4.2. Diagnostyka pasożytów przewodu pokarmowego 693
16.4.3. Diagnostyka pasożytów krwi i tkanek 694
16.4.4. Metody biologii molekularnej w diagnostyce parazytologicznej 696

17. Zakażenia układowe i narządowe 699
17.1. Zakażenia układu oddechowego – Stefania Giedrys-Kalemba 699
17.1.1. Zakażenia górnych dróg oddechowych 700
17.1.2. Zakażenia dolnych dróg oddechowych 702
17.2. Zapalenie ucha – Stefania Giedrys-Kalemba 706
17.3. Zapalenie żołądka i jelit oraz zatrucia pokarmowe – Hanna Stypułkowska-Misiurewicz 707
17.4. Zakażenia narządów płciowych i układu moczowego – Magdalena Strus 715
17.4.1. Prawidłowa mikrobiota pochwy 715
17.4.2. Waginoza bakteryjna 715
17.4.3. Tlenowe zapalenie pochwy 716
17.4.4. Zakażenia układu moczowego 717
17.5. Choroby przenoszone drogą płciową – Piotr Kochan 718
17.6. Zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i inne infekcje ośrodkowego układu nerwowego – Piotr Kochan 723
17.6.1. Czynniki predysponujące do infekcji OUN 724
17.6.2. Czynniki etiologiczne zakażeń i zarażeń OUN 724
17.6.3. Epidemiologia infekcji OUN 725
17.6.4. Zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych 725
17.6.5. Diagnostyka zakażeń OUN 726
17.6.6. Leczenie zakażeń OUN 728
17.6.7. Profilaktyka zakażeń OUN 728
17.7. Zapalenia wsierdzia – Artur Drzewiecki 732
17.8. Bakteryjne zakażenie skóry i tkanek miękkich –Małgorzata Bulanda 734
17.8.1. Zakażenia o etiologii gronkowcowej 734
17.8.2. Zakażenia o etiologii paciorkowcowej 734
17.8.3. Zakażenia powodowane przez Pseudomonas aeruginosa 735
17.8.4. Diagnostyka bakteryjnych zakażeń skóry i tkanek miękkich 735
17.8.5. Leczenie bakteryjnych zakażeń skóry i tkanek miękkich 736
17.9. Bakteryjne zakażenia kości i stawów – Małgorzata Bulanda 736
17.9.1. Zakażenia kości 736
17.9.2. Zakażenia stawów 738
17.9.3. Zakażenia narządu ruchu związane z obecnością ciał obcych 739
17.10. Zakażenia narządu wzroku – Małgorzata Bulanda 739
17.11. Bakteriemia i sepsa – Anna Przondo-Mordarska 743
17.11.1. Epidemiologia 744
17.11.2. Etiopatogeneza zakażeń krwi 744
17.11.3. Szczegółowy patomechanizm rozwoju sepsy 747
17.11.4. Obraz kliniczny zakażeń krwi 748
17.11.5. Diagnostyka mikrobiologiczna w sepsie 751
17.11.6. Leczenie antybiotykami 753
17.12. Inwazyjne zakażenia grzybicze – Danuta Dzierżanowska-Madalińska 754
17.12.1. Zakażenia grzybami drożdżopodobnymi 754
17.12.2. Zakażenia grzybami z rodzaju Aspergillus 756
17.12.3. Inne inwazyjne zakażenia grzybicze 757
17.12.4. Epidemiologia inwazyjnych zakażeń grzybiczych u osób z obniżoną odpornością 758
17.12.5. Diagnostyka i leczenie inwazyjnych zakażeń grzybiczych 758
17.13. Zakażenia wrodzone i okołoporodowe – Piotr B. Heczko, Magdalena Strus 759
17.13.1. Zakażenia wrodzone 760
17.13.2. Badania przesiewowe w celu wykrycia zagrożenia zakażeniami wrodzonymi 762
17.13.3. Zakażenia noworodków 762
17.14. Infekcje u chorych z obniżoną odpornością – Barbara Zawilińska 764
17.14.1. Pierwotne i wtórne niedobory odporności 764
17.14.2. Infekcje u pacjentów po przeszczepie narządów miąższowych i szpiku kostnego 767
Piśmiennictwo 771
Skorowidz 774